به گزارش خبرنگار گروه علمی و فناوری خبرگزاری برنا؛ امروزه شرح عملکرد یک توالی پروتئینی یکی از رایج ترین مشکلات در زیست شناسی است. معمولا این مسئله را می توان با مطالعه ساختار سه بعدی پروتئین ها آسان کرد. در غیاب ساختار پروتئین ها، مدل سازی مقایسه ای اغلب یک مدل سه بعدی مفید برای پروتئین ارائه می دهد که وابسته به حداقل یک ساختار پروتئینی شناخته شده می باشد. مدل سازی مقایسه ای، ساختار سه بعدی یک توالی پروتئینی معین را عمدتا بر اساس همسانی توالی آن با توالی یک یا چند پروتئین با ساختار شناخته شده پیش بینی می کند.
بسیاری از برنامه های کامپیوتری و سرورهای تحت وب وجود دارند که فرآیند مدل سازی مقایسه ای را به صورت خودکار انجام می دهند. یکی از مهمترین مزایای این سرورها این است که مدل سازی مقایسه ای را هم برای متخصصان و هم برای افراد غیرمتخصص در دسترس قرار می دهد و آن ها به راحتی بدون نیاز به دانش برنامه نویسی می توانند مدل سازی خود را انجام دهند، اما برخی از متخصصان دیگر ترجیح می دهند با استفاده از دانش برنامه نویسی و به صورت دستی مدل سازی خود را انجام دهند، زیرا با این عمل می توانند دقت مدل سازی خود را به حداکثر برسانند.
در این مطالعه که در قالب پایان نامه کارشناسی ارشد علیرضا دانتیسم در رشته بیوانفورماتیک انجام شد، برای پیش بینی ساختار سوم پروتئین ها، ابزار تحت وبی با استفاده از زبان های برنامه نویسیPHP وPython طراحی شد. این ابزارEasyModel نام دارد.
EasyModel می تواند با توجه به ورودی های کاربر که می تواند توالی ناشناخته، توالی شناخته شده پروتئین، زنجیره جانبی و بسیاری از تنظیمات دیگر را دریافت کند و ساختار سوم آن توالی ناشناخته را پیش بینی کند و نتایج را در قالب نمودار،logفایل ها، هم ترازی هاو فایل های پروتئینی ساخته شده ارائه دهد.
گفتنی است این پژوهش با راهنمایی دکتر سید شهریار عرب مدیر گروه بیو فیزیک دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس انجام شد.
انتهای پیام/